Primer de tot destacar que no tot són efectes negatius en el café. El consum prolongat però, pot arribar a provocar una gran dependència, la qual es converteix en abstinència al intentar reduir o eliminar-ne el consum, apareixen diferents símptomes, en funció del temps que es porta consumint, la constitució de la persona, el tipus de cafè i fins i tot el grau de torrefacció (més torrat, menys dependència crea), somnolència, mals de cap, ansietat, insomni, irritabilitat, nàusees, carnsament, nerviosisme, excitació, augment de la diüresi, problemes gàstrics i intestinals, també es creu que un consum excessiu pot produir riscos en l'embaràs. Tot això és degut al  seu component principal, la Cafeïna, estimulant del Sistema Nerviós Central, present al cafè, te, begudes amb cola, cacau en pols (Teobromina) i medicaments OTC (no els cal prescripció mèdica), i que contenen cafeïna; analgèsics, estimulants, productes per reducció de pes, i complements per a esportistes. El consum en quantitats molt grans pot provocar una intoxicació, entre 50-100 tasses de cafè ordinàries. la cafeïna en pols pura, pot ser letal en quantitats molt més petites. Com efectes positius destaquem la prevenció i tractament de trastorns respiratoris prematurs en nadons, un lleuger efecte protector contra el Parkinson, alleuja temporalment la somnolència per tant, manté l’estat d'alerta, aportació d'antioxidants amb efecte protector enfront el gran nombre de malalties en què està implicat l'estrès oxidatiu i el dany per radicals lliures, malalties de tipus cardiovascular, de caràcter neurodegeneratiu, com ara l'Alzheimer o el Parkinson, el cafè conté polisacàrids no digeribles que es consideren fibra dietètica, amb un cert paper protector sobre la flora intestinal anomenat “efecte prebiòtic”, els efectes positius van des d'afavorir la digestió i el control de pes fins a la modulació de la resposta immunitària.